Pedro de Alvarado llega a Cuscatlán después de someter a los pueblos quichés y cachiqueles del Pacífico de Guatemala. En sus cartas sobre sus viajes de conquista describe su paso por los pueblos de los cacicazgos de Cuscatlán e Izalco. Se produce una ruptura en las formas de vida de la población indígena. Su vida social, económica y política es integrada al concepto político administrativo de la monarquía española. Los indígenas fueron considerados vasallos del rey en manos del demonio por sus creencias religiosas. Para someterlos a la cultura cristiana e integrarlos a la sociedad colonial se ejecutó la evangelización y la enseñanza del castellano. A partir de entonces, los indígenas fueron continuamente despojados de sus tierras.
Se instala la encomienda de indios: es un reparto de indios a manos de un encomendero en tierras pertenecientes al Estado para hacerlas producir con base en el trabajo indígena, la propia economía del encomendero y pagos de tributos para beneficio de la monarquía. Una de las tantas encomiendas fue la de San Juan Bautista Nahuizalco, en el occidente. Con la encomienda se busca organizar a la población indígena de manera más eficiente. Hasta estos años la esclavitud había demostrado ser un fracaso, pero la encomienda no. Alrededor de 1545, los encomenderos de la provincia de Izalcos comenzarán a cultivar las grandes plantaciones de cacao.
Con la real cédula del 10 de junio de 1540 se inicia una política de “reducciones de indios”, que consistía en concentrar a la población indígena, que vivía muy dispersa. Francisco Marroquín fue el impulsor de esta política desde 1535 en el reino de Guatemala, y tenía el 'beneficio' de facilitar la cristianización indígena. El proceso ganó intensidad en 1543. Los indígenas serían trasladados a nuevos lugares de residencia, donde harían sus nuevas casas y construirían el templo. En algunos casos las reducciones se establecieron en los mismos lugares tradicionales que poblaban los indígenas.
Inicia la imposición del tributo indígena en forma de dinero. Esto llevó a los indígenas a escapar de sus pueblos para evitar ser tasados, lo cual influyó en los intensos procesos de ladinización y de su incorporación como peones o colonos en las propiedades de cultivos de añil, tabaco, cacao y otros.
Este fue un período en el que de manera acelerada se disminuyó la población indígena en el área de lo que hoy es el territorio salvadoreño y de toda Centroamérica. Estas epidemias, algunas de origen africano, golpearon mucho más a la población indígena que a la española, que o era portadora o ya había estado expuesta a ellas (la peste pulmonar, por ejemplo). Las más impactantes fueron la de cocoliztli y matlazáhuatl, que eran acompañadas de hemorragias de nariz y dolores de cabeza intensos, y muerte después de tres días de postración. También llegaron la viruela, el sarampión, el cólera y la peste, que parecen ser de origen asiático, muy conocidas por el viejo mundo. Ninguna de estas enfermedades existían en Mesoamérica antes de los europeos. En México y Centroamérica estas enfermedades mataron aproximadamente al 90 % de la población indígena. Como consecuencia, a partir de 1570, aproximadamente, la economía de la colonia resintió la escasez de mano de obra indígena.
La corona insiste, a través de diversas cédulas, que no consiente que se tenga por esclavos a los indios. La exportación de esclavos a lugares muy distintos a su ambiente, los trabajos excesivos, el hambre y, sobre todo, las epidemias, fueron las causas fundamentales del descenso demográfico. El esclavismo de los indígenas llegó a ser una industria básica de esta primera época colonial.
En febrero de 1811 las cortes españolas decretan que ya no se cobre el tributo indígena. A pesar de eso, en el reino de Guatemala el jefe político ordenó que no se hiciera efectivo tal decreto. A fin de que a las cajas reales ingresara ese fondo de dinero recaudado. Este manejo del decreto del tributo generó malestar entre los indígenas y ladinos que lo pagaban, y esta es una de las causas de los levantamientos de los barrios de indios, ladinos y mulatos en la provincia de San Salvador en los meses de noviembre y diciembre de 1811.
Entre el 4 de noviembre y el 5 de diciembre de 1811 la autoridad de la provincia de San Salvador enfrentó una serie de motines de poblaciones indígenas, ladinas y mulatas, en reclamos por los cobros de tributos y por la persecución política. Demandaban derogar el cobro del tributo, el de la alcabala, acabar el sistema de estancos -sobre todo los del tabaco y la chicha-, que las autoridades no usaran el dinero de cajas de comunidad de manera arbitraria, la liberación de presos en las cárceles de Zacatecoluca acusados de subversión, y el cambio de autoridades, incluyendo a la mayor autoridad de la provincia, el intendente Antonio Gutiérrez y Ulloa. Destaca el motín del 23 de noviembre en el barrio La Pulga y el Cerro Colorado (Usulután) contra el alcalde. Abrieron las cárceles y gritaban “fuera los chapetones (españoles)” y “repartámonos sus intereses”.
El 19 de marzo de 1812, en reunión de las Cortes en Cádiz se decreta la Constitución de la monarquía española. La Constitución establece que la soberanía reside en la nación, no en el rey, proclama la separación de poderes y limita los poderes al rey. Se reconoce el derecho de ciudadanía a los ladinos, lo que implica existir legalmente. En realidad, indios y ladinos (con las excepciones de ley) dejan de ser súbditos y pasan a ser ciudadanos. Ganancia para los ladinos que rápidamente aprovechan los espacios que se les abren, de nuevo a costa de los indios. Para los indios la ciudadanía y la independencia resultan negativas, en tanto que pierden los “derechos y privilegios” que les otorgaba la legislación indiana y por otra parte les imponen nuevos deberes.
La élite blanca y los mestizos se apropian de los poderes políticos y económicos, construyen el Estado y aprovechan las oportunidades económicas; las instituciones y costumbres indígenas obstaculizan sus proyectos. Entonces elaboran un discurso que presenta al indio como haragán y vicioso, mientras que el ladino y el blanco se presentan como inteligentes, laboriosos. El propósito de aplicar leyes contra la vagancia era obligar a la población ladina e indígena a trabajar en las haciendas dedicadas mayormente al cultivo del café. El objetivo principal de esta medida era tener control sobre la población rural y evitar que esta desencadenara brotes de violencia por reclamo de mejores condiciones de vida.
La independencia de España no representó beneficio a los indios y ladinos, su situación de miseria continuó y las estructuras de poder solo pasaron de los representantes de la monarquía a manos de los criollos con el nombre de República. El modelo era el mismo, se ejercía un control social en función de un régimen de gobierno absolutista, del cual estuvieron excluidos los indígenas. Esta situación de sobreexplotación a la que fue sometida la fuerza de trabajo dio origen al levantamiento indígena dirigido por Anastasio Aquino, a finales de 1832 y principios de 1833, en la denominada “Región de los indios nonualcos”,en los departamentos de San Vicente y La Paz.
Durante las guerras federales se utilizó a los indígenas como carne de cañón. Esta reducción demográfica la explica el reclutamiento forzoso de la mayoría de los jóvenes indígenas en edad militar, cuyo destino era servir de carne de cañón en las guerras fratricidas, lo cual lo confirma la tradición oral de los ancianos del Panchimalco. En contraste con otras regiones de Latinoamérica, en El Salvador, la violenta vida independiente ocasiona una disminución poblacional indígena más adversa que la provocada por la colonia.
En la segunda época liberal del siglo XIX, durante la administración de Rafael Zaldívar, se abolen las tierras comunales, baldías y ejidales; en los años siguientes se desmantela los reductos de sistemas de tenencia de la tierra de los indígenas. Dichas tierras comunales son expropiadas en nombre de los ideales liberales de civilización y progreso.
Durante este período las comunidades indígenas de La Libertad y Ahuachapán sufren un proceso acelerado de mestizaje cultural debido en gran parte al desarrollo de la industria cafetalera. Las ideas de las posibilidades de mejoramiento de la especie humana provocan un discurso eurocéntrico en el que no caben “ni indios, ni negros”, con lo que se da paso a lo que comúnmente se denomina el “blanqueamiento”, no solamente biológico, sino también cultural. La expansión de la educación pública también afecta a la reproducción del idioma náhuat-pipil en estos departamentos y en Sonsonate. Para 1930 no más de 25 mil indígenas (que son tal vez el 10 % de la población indígena total) pueden hablar náhuat-pipil.
Expansión dramática de la Federación Regional de Trabajadores de El Salvador (FRTS) y del Socorro Rojo en el occidente del país, que involucra a indígenas y a no indígenas en un movimiento basado en principios igualitarios. Durante el gobierno de Pío Romero (1927-1931), la FRTS logró que se decretaran leyes importantes para los trabajadores, como la Ley de protección de empleados del comercio, Ley de registro de agrupaciones obreras y gremiales, el Decreto de creación de las juntas de conciliación y el Reglamento de las horas de trabajo.
En enero de 1932 se produjo un levantamiento contra el gobierno en el occidente del país que fue brutalmente reprimido. Esa matanza diezmó a los indígenas que fueron acusados de comunistas. De este hecho se ha culpado al presidente Maximiliano Hernández Martínez, aunque lo cierto es que recibió el apoyo de importantes sectores de la sociedad: terratenientes, periodistas, intelectuales, la Iglesia católica y otros. La matanza fue la culminación de un largo proceso de marginación y prejuicios en contra de los indios. En el marco del levantamiento, los indios encarnaron a los ojos de blancos y ladinos toda la maldad y barbarie posible.
La matanza de unas 10 mil personas, en su mayoría indígenas, acelera el proceso de mestizaje cultural, aunque no es cierto que el Martinato fomentara políticas antiindígenas después de la matanza. Una vez controlado el levantamiento, Martínez cuidó de que no se reprimiera innecesariamente a los indios y los protegió de los abusos de terratenientes y ladinos.
Más tarde, apoyó esfuerzos por rescatar el legado cultural indígena y promover la educación de los indios. Martínez se convirtió en mecenas de artistas e intelectuales, tales como José Mejía Vides, Salarrué, Miguel Ángel Espino y María de Baratta que trabajaban el tema indígena.Las expresiones vernáculas se volvieron una inclinación durante la presidencia de Hernández Martínez, y trataba de derribar el concepto mercantilista e inhumano de que el indio no era más que una bestia de carga. Aunque, en la vida real, estaba relegado por ser de “raza inferior”.
Tiene menos impacto en el occidente del país. Sin embargo, hubo matanzas en poblaciones de Sonsonate como El Canelo, Santo Domingo de Guzmán, Las Hojas, y en El Carrizal donde fuerzas militares asesinaron a jóvenes acusados de pertenecer a la guerrilla. En el oriente, la violencia de la guerra fue mucho más intensa que en el resto del país, y entre los pobladores de Cacaopera la guerra tuvo un fuerte impacto.
La firma de los Acuerdos de Paz compartió el año con el movimiento anti-quincentenario de América Latina. La celebración del V centenario del “descubrimiento” de América condicionó el resurgimiento del movimiento indígena para finales de la década de los 80. A nivel latinoamericano existió un descontento dentro de las organizaciones de pueblos originarios por no ser tomados en cuenta con protagonismo dentro de las celebraciones que se planificaban para octubre de 1992. Este escenario de rechazo “anti-quincentenario” logró que organizaciones indígenas que usualmente no estaban en conexión con las oganizaciones de otros países, discutieran temas comunes y configuraran una red de conexiones. Del 7 al 12 de octubre de 1992 se celebró en Managua el encuentro de indígenas: Campaña Continental 500 Años de Resistencia Indígena, Negra y Popular, organizado para transformar el V Centenario “del inicio de la conquista española, en el inicio del autodescubrimiento de nuestra América y en un motivo de afianzamiento de la unidad de los oprimidos”.
El 12 de junio de 2014 la Asamblea Legislativa ratifica con 56 votos una reforma al artículo 63 de la Constitución de la República. Esta ratificación fue sometida dos veces a votación el mismo día. En el primer intento no se alcanzó el mínimo de votos necesarios. Los diputados del período 2009-2012 ya habían aprobado la modificación para que los pueblos originarios fueran tomados en cuenta en la Constitución. Sin embargo, era necesario que otra legislatura ratificara la decisión para que esta entrara en vigor. El inciso agregado dice: “El Salvador reconoce a los pueblos indígenas y adoptará políticas a fin de mantener y desarrollar su identidad étnica y cultural, cosmovisión, valores y espiritualidad”. En el encuentro de pueblos indígenas realizado el 9 y 10 de octubre en Ahuachapán el año pasado, las organizaciones indígenas exigieron que como parte de las medidas reivindicativas de la reforma constitucional les fueran devueltas sus tierras: “Tal compromiso también requiere y lo exigimos enérgicamente: que concretamente se nos devuelvan nuestras tierras y territorios despojados y saqueados por siglos, ya que los pueblos sin tierras no podemos garantizar la vida y la recreación de nuestros valores y principios”.
