La masacre de la UCA permaneció impune durante 31 años, hasta que en 2020 hubo un juicio para esclarecer el caso. El juicio no se desarrolló en El Salvador, sino que en España, porque la amnistía salvadoreña bloqueó cualquier oportunidad de investigación. En España, en cambio, el proceso se abrió en 2008 y en septiembre de 2020, la Audiencia Nacional de Madrid condenó a 133 años de prisión al ex viceministro de Seguridad Pública coronel Inocente Orlando Montano Morales. Fue el único militar salvadoreño encontrado responsable del asesinato de seis padres jesuitas, una empleada de la UCA y la hija de esta. En El Salvador, la amnistía fue eliminada en 2016 y a partir de entonces, diversas organizaciones de derechos humanos presentaron mociones para que el caso jesuitas se reabriera. Pero después de una serie de acciones y apelaciones, la Sala de lo Penal rechazó de tajo esa opción. En 2020, el Instituto de Derechos Humanos de la UCA (Idhuca) pidió a la Fiscalía que investigara a los magistrados de la Sala de lo Penal por haber resuelto de esa manera. La Sala no ha informado de los resultados de esa denuncia.